Rokottaminen on kaikista lääketieteen keinoista tehokkaimpia tapoja ennaltaehkäistä infektiosairauksia. On selvää, että kuten myös lääkkeillä, rokotteillakin esiintyy ei-toivottuja sivuvaikutuksia. Nämä ovat kuitenkin nykyaikaisilla rokotteilla harvoin vakavia ja lähes aina lievempiä kuin sairaudet, joita vastaan niitä annetaan. Kun vaakakuppiin laitetaan rokotteilla saavutettava hyöty, on riskisuhde niiden hyväksi moninkertainen.
Rokotusten avulla pystytään ehkäisemään sairauksia, jotka aiheuttavat paitsi suurta inhimillistä kärsimystä, myös vakavia ruumiinvammoja ja ennenaikaisia kuolemia. Yhtenä esimerkkinä voidaan mainita vaikkapa tuhkarokko, joka rokotusten avulla on saatu lähes hävitettyä Suomesta, mutta tappaa vakavine jälkitauteineen maailmanlaajuisesti edelleen suuria määriä lapsia, erityisesti kehitysmaissa joissa rokotuskattavuus on pieni.
On selvää, että yksilötasolla ihmiset voivat onneksi välttyä sairauksilta joita vastaan heitä ei ole rokotettu. Erityisesti silloin jos rokotuskattavuus väestössä on hyvä, eivät taudit leviä rokottamattomiinkaan. Jos rokotuskattavuus laskee tarpeeksi, tilanne kuitenkin saattaa muuttua. Sitä että rokottamaton ei ole sairastunut olleessaan maassa jossa rokotuskattavuus on alhainen, ei voida vetää johtopäätöksiä rokotusten hyödyttömyydestä. Tilannetta voidaan verrata venäläiseen rulettiin, joskus käy tuuri, joskus ei. Syitä yleiselle rokottamatta jättämisellä voidaan harvoin perusteilla järkisyin. Toki joissain tapauksissa yksilötasolla näin saattaa ollakin, esimerkiksi immuunivajausta sairastavalle tulee olla varovainen eläviä-heikennettyjä rokotteita annettaessa.
Rokotuksista on julkaistu runsaasti tutkimustietoa, jonka puolueeton tarkastelu osoittaa kiistatta niiden edut. Myös rokotteita vastaan olevia julkaisuja löytyy. Ne kuitenkaan harvemmin kestävät kriittistä tieteellistä tarkastelua. Joskus rokottamattomuutta on perusteltu osana luonnonmukaista elämäntapaa. Loppujen lopuksi rokotteet ovat kuitenkin varsin luonnonmukainen tapa ehkäistä sairauksia, niiden toiminta perustuu nimenomaan siihen, että ihmisen oma elimistö aktivoituu puolustautumaan taudinaiheuttajaa vastaa. Erona kuitenkin se, että itse sairaus jää kokematta.
Ajatus kansainvälisestä salaliitosta, jossa hyödyttömiä tai jopa hyöty-haittasuhteeltaan negatiivisia rokotteita markkinoitaisiin ainoastaan taloudellisen hyödyn tavoittelemiseksi maailman väestölle on vähintäänkin utopistinen. Onko todennäköistä, että koko länsimainen lääketiede, kymmenet tuhannet tutkijat, WHO, YK, kansalliset lääkintäviranomaiset jne. olisivat siinä mukana tai ainakin täysin harhaanjohdettuja? On myös huomattava, että vaikka rokotemarkkinoilla liikkuu maailmanlaajuisesti suuria rahasummia, on niiden osuus lääkemarkkinoista vain korkeintaan joitakin promilleja.
Suomessa kaikki rokotukset ovat vapaaehtoisia, siitä huolimatta tai ehkä juuri sen vuoksi rokotuskattavuus on maailmanlaajuisesti korkealla tasolla. Pohjoismaisen käsityksen mukaan yksilöllä on oikeus päättää omista valinnoistaan myös terveyden suhteen. On myös juridisesti sallittua, että vanhemmat estävät omien lastensa rokottamisen. Olemassa olevan tiedon valossa sen eettisyyttä voidaan kuitenkin pohtia.