Lapsettomuuden aiheuttaja voi löytyä yhtä lailla miehestä kuin naisestakin, joskus syy voi löytyä molemmista, ja ihan aina syytä ei voida selvittää ollenkaan. Kun lapsettomuus on naisesta johtuvaa, syy saattaa liittyä munasolun irtoamishäiriöihin, endometrioosiin, munanjohdinvaurioihin, kohdussa oleviin vikoihin tai erilaisiin seksiongelmiin. Joskus syy voi olla tilapäinen, eli se voi liittyä siihen, että nainen on ylipainoinen, alipainoinen, tupakoi tai käyttää runsaasti alkoholia tai kantaa psyykkisesti raskasta taakkaa, eli on masentunut tai stressaantunut. Naisen hedelmällisin ikä on 20-28-vuotiaana, joten joidenkin tutkimusten valossa on todettu, että lapsettomuus on lisääntynyt naisten siirtäessä lasten hankkimista yhä myöhäisemmälle iälle.
Miehen puolelta lapsettomuus voi johtua synnynnäisestä viasta, jonkin tulehduksen jälkitilasta, siittiövasta-aineista, joidenkin lääkkeiden käyttämisestä, myrkytyksistä tai mahdollisesti siemensyöksyn tai erektion erilaisista ongelmista. Melko usein tutkimuksissa havaitaan, että miehen sperman laatu on heikkoa, mutta syytä heikkolaatuisuudelle ei pystytä kuitenkaan löytämään.
Miehen puolelta lapsettomuus voi johtua synnynnäisestä viasta, jonkin tulehduksen jälkitilasta, siittiövasta-aineista, joidenkin lääkkeiden käyttämisestä, myrkytyksistä tai mahdollisesti siemensyöksyn tai erektion erilaisista ongelmista. Melko usein tutkimuksissa havaitaan, että miehen sperman laatu on heikkoa, mutta syytä heikkolaatuisuudelle ei pystytä kuitenkaan löytämään.