Lyhyesti:
Valmiste aiheuttaa suhteellisen harvoin haittavaikutuksia. Joskus ilmaantuu päänsärkyä, ihottumaa tai erilaisia vatsaoireita. Monien muiden samanaikaisesti käytettyjen lääkkeiden vaikutukset voivat muuttua, minkä vuoksi lääkärin on oltava tietoinen kaikista muista potilaan käyttämistä lääkkeistä flukonatsolia määrätessään. Pitkään kestävän hoidon aikana tarkkaillaan maksa-arvoja, koska ne voivat joskus kohota.