Hunaja menee pilalle pääasiassa kahdella tavalla: homehtumalla (vesipitoisuus liian korkea) tai käymällä. Käymisen tunnistaa siitä, että tilavuus laajenee, tuoksu muuttuu happamaksi ja rakenne muuttuu vaahtomaiseksi, kuohkeaksi.
Hunajan hyvät ominaisuudet heikkenevät vuosien mittaan, mutta terveydelle haitallista siitä ei tule. Hunaja säilyy helposti viitisen vuotta, jopa pitempään. Hunajapurkissasi oleva päiväys on kaksi vuotta sen pakkaamisesta, ja itse hunaja voi olla joko pakkausvuoden tai sitä edeltävän vuoden tuotantoa. Jos hunaja ei maistu pilaantuneelle, niin turha heittää pois. Pinnan kiteytyminen johtuu kuivumisesta. "Vanhan" hunajan voi myös käyttää leivonnassa, kahvikakkuihin tai korvata kolmanneksen pullataikinan sokerista hunajalla. Vaniljakastike saa täyteläistä makua hunajalla, ja viimehädässä hunaja kannattaa käyttää vaikka saunassa ihon kuorintaan.
