Naprokseenin, kuten muidenkin tulehduskipulääkkeiden, aiheuttamat haittavaikutukset ilmenevät yleensä ruuansulatuskanavan alueella ja ovat käytetystä lääkeannoksesta riippuvaisia.
Haittavaikutuksia ilmenee herkemmin potilailla, jotka ovat huonokuntoisia ja joilla on useita sairauksia sekä iäkkäillä. Vakavien haittojen vaara lisääntyy suurilla annoksilla pitkäaikaisessa käytössä ja moninkertaistuu, jos samanaikaisesti käytetään muita tulehduskipulääkkeitä.
Ylävatsavaivoina voi esiintyä närästystä, ylämahakipua ja oksentelua. Särkylääkkeiden käyttö voi harvoin johtaa ruuansulatuskanavan verenvuotoon, mistä merkkinä voivat olla veriset tai mustat ulosteet sekä anemia. Jos näitä oireita ilmenee, on syytä keskeyttää lääkkeen käyttö ja ottaa yhteyttä hoitavaan lääkäriin. Keskushermostoperäisiä haittavaikutuksia ovat olleet mm. päänsärky, väsyneisyys, kuulo- ja näköhäiriöt, korvien soiminen, huimaus ja pyörrytys. Allergiset reaktiot ovat mahdollisia mutta harvinaisia. Ihottumia on ilmennyt. Munuaisten vajaatoiminnan paheneminen ja turvotusten lisääntyminen ovat mahdollisia sydämen vajaatoimintaa sairastavilla potilailla.
Tulehduskipulääkkeiden, kuten Pronaxenin käyttöön, voi liittyä hieman suurentunut sydäninfarktin tai aivohalvauksen riski.
Kaikista haittavaikutuksista ja mahdollisista muista hoidon aikana esiintyneistä oireista tulisi kertoa lääkärille.
Ja lisäksi vielä: eikö lääkepakkauksessa ollut tuoteselostetta? Jos lääkärin ohjeet epäselvät ne pakkauksen ohjeet ainakin selkeyttävät...
ja siltikin esim meidän pojan kuumekouristusten ehkäisyksi annetut ohjeet on että kuumeen noustessa yli 38.5 annetaan saman aikaisesti panadol/ burana ja pronaxen panadol/burana sen takai että se on nopeavaikutteinen lääke ja laskee kuumetta nopeasti, pronaxenia siksi että se pitää kuumeen pitempään pois... eli on ihan sairaalasta saadut hoito-ohjeet ja tuskimpa ne antais tuollaista ohjeistusta jos siitä olisi suurta haittaa... 
