Kupin pesu tulee suorittaa huolellisesti, ja huomiota on kiinnitettävä myös kupin ylälaidassa olevien ilmareikien puhtauteen. Ennen varsinaista pesua kuppi kannattaa huuhdella kylmällä tai viileällä vedellä, jotta veri ei "pala" kuppiin kiinni - tämä ehkäisee hajuhaittoja. Varsinainen pesu suoritetaan kuumalla vedellä ja pesunesteellä.
Kuppi on huuhdeltava hyvin, jotta mitään pesunestejäämiä ei mene kupin mukana emättimen sisälle. Osa kupin käyttäjistä on kuitenkin herkkiä pienillekin jäämille, joten heidän kannattaa unohtaa pesunesteen käyttö ja pestä kuppi huolellisesti pelkällä vedellä. Tällöin tulee kuitenkin kiinnittää erityistä huomiota kupin puhtaanapitoon esimerkiksi desinfioimalla kuppi useammin kuin kerran kuussa.
Sopiva pesuneste
Pesunesteen tulee olla hajustamatonta, sillä hajustetut pesunesteet saattavat sisältää petrokemikaaleja ja öljyjä, jotka haurastuttavat silikonia. Lisäksi pesunesteen tulisi olla hapanta, sillä emätinkin on luonnostaan hapan (pH-arvo 3,8-4,2). Mikäli käytetyn pesunesteen pH on emäksisen puolella (pH yli 7), mahdolliset pesunestejäämät saattavat aiheuttaa herkemmin esim. hiivatulehduksia.
Sopivia kupinpesunesteitä ovat mm. Avecyd, Lactacyd Skin Care ja Lacto plus, joita saa ainakin apteekeista, sekä Lacto line (eläinkokeeton), jota myydään joissakin päivittäistavarakaupoissa. Joitakin merkkejä on saatavilla sekä hajustettuna että hajustamattomana, joten kannattaa olla tarkkana, että ottaa hyllystä oikean pullon. Lisäksi joidenkin kuppivalmistajien omat pesunesteet ovat tietysti kupin pesuun soveltuvia.
HUOM! Maapähkinäallergikkojen kannattaa lukea tuoteseloste huolellisesti läpi, sillä joissakin pesunesteissä saattaa olla maapähkinäöljyä. Jos tuoteselosteessa lukee esim. Arachis hypogaea, Arachidis oleum tai Hydrogenated peanut oil, pesuneste sisältää maapähkinää.